Hay un grupo pequeño de cardiopatías que requieren además de lo anterior, un estudio hemodinámico y angiográfico (cateterismo diagnóstico) que es ya una prueba invasiva, que consiste en introducir un catéter a través de los vasos femorales (de la ingle) hasta el corazón, para medir las presiones y saturaciones de las cavidades cardíacas, y con la inyección de una sustancia opaca a través de Rayos X, realizar angiografías en las que se visualizan las cámaras cardíacas, etc ... Todo ello tiene la finalidad de llegar a un diagnóstico que no ha sido posible obtener o completar con los medios no invasivos.  

En este caso el cardiólogo infantil suele indicar el ingreso hospitalario unas horas antes de comenzar el cateterismo, que se realiza con algún tipo de anestesia general para que el niño no sufra y se esté quieto (Ver anestesia en cateterismo en el capítulo "Anestesia" dentro del Proceso Quirúrgico, dentro de "La Operación"). Este procedimiento conlleva ya un cierto riesgo pequeño y una serie de complicaciones que el cardiólogo infantil explicará con detalle a los padres de los niños. El período de hospitalización para el cateterismo suele ser 1 día, causando alta hospitalaria al día siguiente. 

El estudio farmacológico de la hipertensión vascular pulmonar (ver hipertensión pulmonar en esta web) está incluida en el cateterismo diagnóstico.

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